Biriken amiloid proteini, amiloid öncü proteini denen daha büyük bir proteinin alfa-, beta- ve gamma-sekretazlarla parçalanmasını işleminin bir sonucu olarak meydana gelir. Bu işlemler sağlıklı beyinde de gerçekleşse de Alzheimerlı beyinde 40 yerine 42 amino asit uzunluğunda bir protein parçası (polipeptit) ile sonuçlanır. Bu da dokudan temizlenemez ve birikir. Bu nedenle Alzheimer tedavisi için yukarıda andığım sekretazların etkinliğini değiştiren ilaçların kullanabilirliği sınanıyor.

Alzheimer hastalığındaki diğer bir süreç de hücre iskeletiyle ilişkili moleküllerden "tau"nun aşırı fosforilasyonudur.

Bu amiloid ve tau süreçlerini neyin tetiklediğini ve bu süreçlerin hangi düzeneklerle beyne zarar vererek bunamaya sebep olduğunu henüz bilmiyoruz.